2031 год. Прогресс в области кибернетики позволяет людям заменять утраченные конечности высокотехнологичными протезами. Капитан Мотоко Кусанаги из спецотдела общественной безопасности расследует серию инцидентов, связанных с загадочным хакером, известным под псевдонимом Марионетка.
Дело осложняется тем, что злоумышленник демонстрирует необычные способности взламывать нейронные интерфейсы. Кусанаги погружается в расследование, пытаясь раскрыть мотивы и личность таинственного киберпреступника, чьи действия ставят под угрозу стабильность всего города.